Während eines Luftangriffs auf Tokio wird die Mutter des zwölfjährigen Jungen Mahito Maki getötet. Als sein Vater dann die jüngere Schwester seiner verstorbenen Frau heiratet und mit seiner Familie aufs Land zieht, beginnt für Mahito eine schwierige Zeit. Er kann sich nämlich überhaupt nicht mit der neuen Familiensituation anfreunden. Bald entdeckt er jedoch einen mysteriösen Turm und einen sprechenden Graureiher, der ihm überraschenderweise mitteilt, dass seine Mutter noch am Leben ist und in diesem seltsamen Bauwerk gefangen gehalten wird. Als dann auch noch Mahitos Stiefmutter verschwindet, begibt sich der junge Abenteurer auf den Weg zu dem geheimnisvollen Turm. Dabei entdeckt er eine magische Welt voller fantastischer Kreaturen. Doch auf seiner Reise lauern auch einige Gefahren auf Mahito...